Los Tribunales Agrarios son competentes para sancionarlos convenios o laudos arbítrales celebrados ante la. Procuraduría Agraria, siempre y cuando se encuentren apegados a derecho
El convenio suscrito entre las partes pone fin al juicio y el Tribunal deberá calificarlo, lo que implica analizarlo para determinar que sus cláusulas estén apegadas a derecho, a la moral y las buenas costumbres, en cuyo caso lo sancionará y elevará a cosa juzgada. Y, por tanto, es inatacable, puesto que refleja la voluntad expresa de las partes.
Es decir, por una parte, por muy buena voluntad de las partes expresada en el convenio, se debe convenir dentro de un marco jurídico y de justicia, y el Tribunal debe estar atento a ello en su calificación, y por otra parte se les da a las partes que conciliaron, la certeza jurídica de la cosa juzgada, es decir, la garantía de que dicho convenio debe ser cumplido por ellas en todo tiempo y lugar y en caso de que no sea así, el Tribunal a través de los medios coactivos de los que dispone. Y así se pronuncia la fracción XIII del artículo 18 de la Ley Orgánica de los Tribunales Agrarios que prevé que el Tribunal es competente para ejecutar el convenio.
En otro rubro, ante el auge que tienen los convenios, en los últimos años varias empresas han celebrado contratos de arrendamiento con los núcleos agrarios para la exploración y explotación de recursos naturales que hay en el subsuelo de las tierras de uso común de los ejidos y comunidades, pero son contratos que en muchas ocasiones no cumplen con lo que establece la legislación agraria; además benefician más a este tipo de empresas y perjudican a los núcleos agrarios con quienes los firman, lo que también ha generado conflictos de esta índole, mismos que se atienden como controversias por nulidad de contratos y convenios.
En estos casos donde se quiera anular un convenio realizado ante el Tribunal, la Ley Orgánica de los Tribunales Agrarios, establece la competencia de esos órganos jurisdiccionales para conocer de los juicios de nulidad contra resoluciones dictadas por las autoridades agrarias que alteren, modifiquen o extingan un derecho o determinen la existencia de una obligación; y para efectos del último artículo citado no debe entenderse solamente como una resolución en sentido formal que se dicte en materia agraria, es decir, que derive como consecuencia de un determinado procedimiento con todas sus características, sino que también debe abarcar cualquier acto o decisión que emita una autoridad agraria, que sin constituir propiamente una resolución en sentido formal, sí lo sea en sentido material, porque exprese su voluntad en cuanto determina situaciones jurídicas concretas